Através dos seus núcleos é possível entrar em contato, por exemplo, com testemunhos de arte de diversas origens e a história de uma terra insular, que foi lugar de chegada de flamengos povoadores e escala de baleeiras americanas; com o esforço de bem fazer, numa linda coleção de peças realizadas na arte tradicional, ainda viva, do miolo de figueira; com uma interessante variedade de objetos, equipamentos e espaços relacionados com a centralidade estratégica da Horta, no âmbito das comunicações, nomeadamente no período áureo dos cabos submarinos, nos séculos XIX/XX; com as memórias dos voos transatlânticos, em Clippers da PanAm, de meados do século XX; ou, ainda, com a personalidade de Manuel de Arriaga, faialense e intelectual republicano, eleito primeiro Presidente da República Portuguesa, em 24 de agosto de 1911.
Espaços do Museu da Horta: Colégio dos Jesuítas e Casa Manuel de Arriaga.